Vid födseln är barnets tarm steril men redan vid passagen genom mammans underliv får det nyfödda barnet probiotiska bakterier från mamman. Barn som föds med kejsarsnitt får inte denna tillförsel av probiotika och det finns forskning som visar att deras tarmflora har en fördröjd utveckling. Dessa barn drabbas oftare av tidiga diarréer och kan ha en ökad risk för utveckling av allergi och astma.
Man anser att det är önskvärt att ge probiotika till för tidigt födda barn och de som fötts med kejsarsnitt. Tarmslemhinnan hos dessa barn är inte fullt utvecklad och det finns då en teoretisk risk att probiotiska bakterier kan passera genom tarmväggen. Dock har man i finska studier visat att risken är minimal.
Svår tarminflammation är det vanligaste akuta tillståndet hos prematura barn och orsakar cirka 10% av dödsfallen. I en del fall har man tillfört probiotika till dessa barn med gott resultat på viktutveckling och födoämnestolerans.
Rotavirusdiarrée orskar 140 miljoner infektioner varje år och mer än en miljon dödsfall. Detta är inte bara ett U-landsproblem utan så gott som alla barn under 4 år har någon gång varit infekterade. Viruset orsakar ökad genomsläpplighet i tarmväggen, med högre serumhalter av beta-laktoglobulin innehållande immunkomplex i blodserum.
Studier visar att probiotika minskar de vattninga diarréerna och varaktigheten av rotavirusinfektionen.
WHO och FAO anser att en ökad användning av probiotika skulle kunna minska den mycket utbredda dödligheten i rotavirusdiarréer.